新三板投资风险是指机构、企业或自然人等投资者对全国中小企业股份转让系统(俗称新三板)中的挂牌企业进行投资时所涉及的风险。
对于新三板企业的投资火热，很大一部分是因为它们汇聚了发展潜力最大的企业，因此对于它们的投资有很大机会可以一本万利。但世界上没有只赚钱无风险的买卖，相应地，投资新三板的企业也面临着很大的风险，在此提醒投资者需要注意以下几类风险。
1.企业运营风险
新三板市场的大部分挂牌企业规模较小、对单-技术依赖度较高、受技术，更新换代影响较大;且具有对核心技术人员依赖度较高、客户集中度高、议价能力不强、财务规范程度不高等特点;部分公司抗市场风险和行业风险的能力较弱，业务收入可能波动较大。
2.信息风险
相对于主板、中小板及创业板的上市公司来说，新三板市场的信息披露要求和标准偏低。新三板市场披露制度是适度性的，没有对挂牌企业的信息披露做强制性要求，因而信息披露在及时性、全面性以及信息质量方面都存在着不确定性，使得投资者无法及时、详尽地获取信息。这会导致投资者对挂牌企业形成不够完备的风险评估，从而产生一定的投资风险。
3.信用风险
虽然股份报价转让过程有主板券商的督导和协会的监管，但仍然无法避免中止交易的风险，影响投资者的预期收益。特别需要注意的是，股份报价转让并不实行担保交收，可能因为交易对手的原因而导致无法完成资金交收。
4.退市风险
很多投资者选择新三板市场进行投资，主要是对未来新三板公司转向主板有较高期待。因为新三板挂牌公司的股票佔值普遍较低，一日公司成功上市，股票价格就会大幅甚至成倍增长，届时投资者卖出股票就可以马上获得暴利。但是值得指出的是，这种预期的不确定性非常大，既然新三板市场在多层次资本市场中起到的是过滤器的作用，因此挂牌公司既可能成功上市也可能退出新三板，且新三板的退市率相对于主板市场来说是很高的，而退市的挂牌公司将会使投资者蒙受巨大的损失,
5.市场流动性风险
与主板企业相比，新三板挂牌企业股权相对集中，市场流动性低于沪深证券交易所;从交易方式上看，新三板交易是通过集合竞价方式进行集中配对成交的，这使得投资者买卖股票很不方便，可能出现想买买不到、想卖卖不出的
此外，值得注意的是，股份报价转让并不实行担保交收，因此可能因为交易对手的原因而导致无法完成资金交收。
