同任何分析一样，现金流量表分析也有其局限性，这主要表现为：
1,报表信息的有效性。
报表中所反映的数据，是企业过去会计事项影响的结果，根据这些历史数据计算得到的各种分析结果，对于预测企业未来的现金流动，只有参考价值，并非完全有效；
2,报表信息的可比性。
可比性一般是指不同企业，尤其是同一行业的不同企业之间，应使用相类似的会计程序和方法，将不同企业的现金流量表编制建立在相同的会计程序和方法上，便于报表使用者比较分析一企业在不同时期，以及企业和企业之间的偿债能力和现金流动状况的强弱和优劣。
对于同一个企业来说，虽然一致性会计原则的运用使其有可能进行不同期间的比较，但如果企业的会计环境和基本交易的性质发生变动，则同一个企业不同时期财务信息的可比性便大大减弱。对于不同企业来说，它们之间可比性比单一企业更难达到。
由于不同企业使用不同的会计处理方法，例如，存货的计价、折旧的摊提、收入的确认以及支出资本化与费用的处理等，为运用各种分析方法对各个企业的现金状况进行比较带来了一定的困难；
3,报表信息的可靠性。
可靠性是指提供的财务信息，应做到不偏不倚，以客观的事实为依据，而不受主观意志的左右，力求财务信息准确可靠。事实上，编制现金流量表所采用的各种资料的可靠性往往受到多方面的影响，使得报表分析同样显得不够可靠。因此，投资者决不能完全依赖于报表分析的结果，而应和其他有关方面的资料相结合进行综合评价。
这主要表现在：
第一，全面、完整、充分地掌握信息。不仅要充分理解报表上的信息，还要重视企业重大会计事项的揭示以及注册会计师的审计报告，另外还要考虑国家宏观政策、国际国内政治气候、所处行业的变化情况等方面的影响；
不仅要分析现金流量表，还要将资产负债表、利润表等各种报表有机地结合起来，这样才能全面而深刻地揭示企业的偿债能力、盈利能力、管理业绩和经营活动中存在的问题。
第二，特定分析与全面评价相结合。投资者应在全面评价的基础上，选择特定项目进行重点分析，如反映企业偿债能力的现金比率(经营活动中净现金流量/流动负债)等，并将全面分析结论和重点分析的结论相互照应，以保证分析结果的有效。
