除了证券市场领导小组和主管机关的外部管理以外，证券经营机构和其他证券市场参与者的自律也是维护深圳证券市场正常秩序，保证市场健康发展的重要力量。
目前，深圳证券业的自律机构和组织主要有两个，即深圳证券交易所和证券商联席会议。深圳证券交易所是会员制交易所，非盈利性质的事业法人机构。它主要是为证券集中交易提供场所，管理证券集中交易市场，同时对证券商的行为具有一定的约束作用。
深圳证券交易所对会员的约束主要是通过交易所的章程和各项业务规则来实现的。深圳证券交易所的章程是经会员大会通过的，经主管机关批准的，具有法律效力。凡交易所的会员，必须遵守交易所章程以及根据交易所章程和有关法律制订的各项规章。深圳证券交易所对违反规章的会员有一定的处罚权。
到目前为止，证券交易所已制定有《深圳证券交易所章程》、《深圳证券交易所业务规则》《深圳证券交易所B股交易、清算业务规则》等多个与证券交易有关的章则，对规范证券商和上市公司的市场行为有着积极的作用。
证券商联席会议是一个纯粹的自律组织，成立于1990 年8月。设立证券商联席会议，目的在于沟通政府证券市场管理部门与广大投资者和发行上市公司之间的信息，加强证券商之间的业务交流和统一业务准则;配合政府执行有关的证券法规条例，协助政府管理证券市场，促进证券市场的健康发展;加强证券商的自律与相互监督及职业道德教育，共同规范行业守则，维护证券商的公正形象。同时维护证券商的合法权益，反映从业人员的共同要求与愿望，争取证券从业人员应享有的地位与待遇。
证券商联席会议定期召开会议，通过会议形成的决议对各证券商施加约束。证券商联席会议通过的决议，各证券商要无条件地执行。各证券商在联席会议中享有平等的权利，承担相同的义务，各证券商对联席会议的决议都有一票的表决权，会议的主席由各证券商轮流担任。
当然，证券商联席会议只是一个自律性组织，对于拒不执行会议决议的证券商，它不能实施严格的处罚。因此，难免使有些决议流于形式，最终还得借助于主管机关来强制执行。
