融资融券交易与一般普通股票交易相比，有许多方面的差异，主要归纳如下表：
1、保证金要求的差异
投资者从事普通证券交易须提交100%的保证金，即买入证券须事先存入足额的资金，卖出证券须事先持有足额的证券。
从事融资融券交易则不同，投资者只需交纳一定的保证金，即可进行保证金一定倍数的买卖(买空卖空),在预测股票价格将要上涨而手头没有足够的资金时，可以向证券公司借贷资金买进股票，并在高位卖出股票后归还借款；预测股票价格将要下跌而手头没有股票时，则可以向证券公司借入股票卖出，并在低位买入股票归还。
2、法律关系的差异
投资者从事普通股票交易时，其与证券公司之间只存在委托买卖的关系；而从事融资融券交易时，其与证券公司之间不仅存在委托买卖的关系，还存在资金或股票的借贷关系。
因此还须预先以现金或股票抵押的形式向证券公司交付一定比例的保证金，并将融资买入的股票和融券卖出所得资金交付证券公司一并作为担保物。投资者在偿还借贷的资金、股票及利息、费用，并扣除自己的保证金后的盈亏，即为投资损益。
3、风险承担和交易权利的差异
投资者从事普通股票交易时，风险完全由其自行承担，所以可以买卖所有在证券交易所上市交易的证券品种(少数特殊品种对参与交易的投资者有特别要求的除外);而进行融资融券交易时，如不能按时、足额偿还资金或股票，还会给证券公司带来财务上的风险。
4、易标的不同
投资者从事普通股票交易时，交易标的为全部二级市场上市交易的股票；而从事融资融券交易时，只能对经批准的股票标的进行交易。
