在交易的制度上，主板市场是与中小企业板块是有一些不同的地方，因此，在投资商也会存在着一定的差异。投资者更加需要注意的投资要点，最特别注意的是集合竞价的差别。
1、目前主板市场在每一天都会有一次集合竞价，中小企业板在每天都会有两次的集合竞价，在第二次是收盘集合竞价，时间是在14:57到15:00.
2、上午的9:20到9:25之间，深圳的证券交易所主机是不接受中小企业的股票撤销申报。
3、由于中小企业的股票收盘价是通过收盘之前的最后三分钟的集合竞价方式来产生的，有一些投资者习惯在尾盘操作的就需要注意了，这段时间是不能够连续的竞价买卖的。
4、中小企业板块的股票是在开盘集合竞价的期间，深交所主力就会立即揭示中小企业的股票开盘参考的价格、匹配量跟未匹配量，也增加了开盘集合竞价透明度。投资者要将匹配量跟未匹配量来作为新分析指标，再来判断开盘价的背后实际买卖的情况，来了解主力的资金动向。
中小企业板块不仅仅能像主板一样，对涨跌幅偏离达到了±7%的各三只股票的披露，还能够增加日价格振幅已达到15%的前三只的股票、日换手率达到20%的前三只股票所做披露的规定。
另外，在规定中小企业股票交易是属于异常波动的应该停牌。是与主板市场有着明显的区别就是，对于异常波动的范围界定，还能增加了换手率的异常新条件：即连续三个交易日内的日均换手率，与前五个交易日日均换手率比值达到了30倍，并且该股能够连续三个交易日内所累计的换手率达到20%。
对于这一类的换手率异常股票，投资者就需要坚决回避；如果是处于盈利的状态，就需要立即来获取了解，以免在被交易所的停牌耽误着操作。
