证券登记结算机构是指为证券发行和交易活动办理证券登记、存管、结算业务的中介服务机构。设立证券登记结算机构必须经国务院证券监督管理机构批准, 2001年3月30日,中国证券登记结算有限责任公司成立，中国内地所有的投资者都要通过它进行证券交易的登记结算。
证券登记结算机构(中国证券登记结算有限责任公司)主要有以下几个职能。
第一，证券账户、结算账户的设立和管理。因为目前国内交易所上市的证券都是无纸化的电子证券，投资者在从事证券交易之前，必须向证券登记结算机构提交有关开户资料，开立证券账户后，才可以从事证券交易。投资者通过证券账户持有证券，证券账户用于记录投资者持有证券的余额及其变动情况。
第二，证券的存管和过户。在无纸化交易模式下，投资者持有的证券必须集中存入证券登记结算系统，以电子数据划转方式完成证券过户行为。
第三，证券持有人(投资者)名册登记及权益登记。证券登记结算机构根据与发行人签订的协议，为证券发行人提供证券持有人名册登记服务，准确记载证券持有人的必要信息。证券发行人在分红派息、出年报、开股东大会的时候需要证券持有人的数据，证券发行人不仅仅是上市公司，发行的也不仅仅是股票，还可能是债券、基金等其他证券品种。
第四，证券交易所上市证券交易的清算、交收及相关管理。证券的清算和交收统称为证券结算，包括证券结算和资金结算。证券交易所上市证券的清算和交收由登记结算机构集中完成，主要模式为:证券登记结算机构作为中央对手方，与证券公司之间完成证券和资金的净额结算。值得注意的是，投资者的结算对手方是证券公司。
第五，受证券发行人委托派发证券权益。登记结算机构可以根据发行人的委托向证券持有人派发证券权益，如派发红股、股息和利息等。
第六，办理与上述业务有关的查询、信息咨询和培训服务。证券登记结算机构按照有关规定为符合条件的主体办理相关业务的查询。一般投资者可通过证券公司办理各项查询业务。
第七，国务院证券监督管理机构批准的其他业务。如为证券持有人代理投票服务等。
由此可以看出，交易所只负责证券交易相关的部分，如证券行情、委托交易、成交回报等;而证券登记结算机构负责所有的登记过户、结算等清算工作。
