目前在我们为企业挂牌新三板做法律服务时，有的企业在进行股改时往往出现净资产审计值低于注册资本的情况，根据《公司法》第九十五条规定，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。因此，公司在整体变更股份公司之前应调整公司经审计后的净资产不能存在低于公司的实收资本的情形。也就是说虽然申请挂牌新三板的公司没有严格的财务标准，即使处于亏损状态的公司也可以挂牌新三板，但是公司不能亏损到审计后的净资产低于实收资本的情况。
比如公司注册资本1000万元，经审计公司净资产只有800万元，企业经审计后的净资产低于实收资本，可以采取以下几种方式进行调整。
一、第一种方案：减资，减资完成后再进行股改或减资同时进行股改
1、减资完成后再进行股改
如公司注册资本1000万元公司，目前公司净资本只有800万元，可以减少注册资本200万元，公司完成减资程序并办理工商登记变更后，公司再进行股改。
公司减资对债权人的影响很大，因此公司减资时为了保护债权人的利益，根据《公司法》的规定，减资需要严格履行法律规定的程序：
（1）编制资产负债表和财产清单。
公司减资无论是对公司股东还是公司债权人，影响都很大，公司法赋予了股东和债权人在公司减资过程中进行自我保护的方法。但是，无论是股东进行投票，还是公司债权人要求公司清偿债务或者提供担保，前提都是对公司的经营状况尤其是财务状况有一定了解才可做出理智的决定，因此，公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。
（2）股东会（股东大会）做出减资决议。
公司减资，往往伴随着股权结构的变动和股东利益的调整，在公司不依股东持股比例减资尤其是在注销的情况下，更是如此；因此公司减资直接引发公司股东之问的利益冲突。为了保证公司减资能够体现绝大多数股东的意志，根据公司法第四十四条、第六十条和第一百零三条的规定，就有限责任公司来讲，应当由股东会做出特别决议，即经代表2／3以上表决权的股东通过才能进行；就股份有限公司来讲，应当由公司的股东大会做出特别决议，即必须经出席会议的股东所持表决权2／3以上决议通过才能进行；就国有独资公司来讲，必须由国有资产监督管理机构决定。
（3）向债权人通知和公告。
公司应当自做出减少注册资本决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。主要是为了保护公司债权人的利益。
（4）减资登记。
公司减资以后，应当到工商登记机关办理变更登记手续，公司减资只有进行登记后，才能在法律上得到承认。
2、减资同时进行股改
公司在减资同时进行股改，此种方式在新三板及IPO中已有实际操作案例，以东土科技为例进行说明，公司在整体变更时减资的处理方式，其披露信息如下：
（1）2006 年 7 月 31 日，东土科技召开发起设立的股东大会，会议由全部发起人出席，并以代表公司股东100%表决权的表决决定以中磊会计师事务所有限责任公司审计的截至 2006年4月30日公司净资产7,603,915.94元折股，以760万元为变更后的股份有限公司的注册资本，3,915.94元转为资本公积金。
为该次整体变更为股份有限公司所需完成的减少注册资本，东土国际于2006年8月8日在《北京晨报》刊登了减资公告。中磊会计师事务所有限责任公司于2006年9月18日出具《验资报告》（中磊验字[2006]0020号），验证截至2006年4月30日，李平及张旭霞已缴足注册资本760万元，均以净资产出资，发行人实收资本为760万元。
（2）律师对证监会反馈意见的回复：
关于发行人2006年减少注册资本情况的核查意见：根据发行人的说明及律师核查，发行人减资已履行了如下法律程序：
2006年7月31日，发行人召开 2006 年第一次股东会，决议同意将注册资本由1020万元变更为760万元；发行人于该次股东会后编制了资产负债表及财产清单并就该次减资事宜通知了发行人该时的债权人；
2006年8月8日，发行人在《北京晨报》刊登了减资公告，根据发行人的说明，在公告发出之日起四十五日内，没有债权人要求发行人清偿债务或者提供相应的担保；
2006年10月8日，发行人就该次减资事项在北京市工商局完成工商变更登记，并领取变更后的企业法人营业执照，注册号为 1100001125176。综上所述，律师认为，发行人该次减资所履行的程序符合《公司法》等法律、法规及规范性文件的规定。
二、第二种方案：溢价增资
通过增加公司注册资本补齐与净资产之间的差额是在实务操作中最经常使用的方式，也就是溢价增资，根据增资的主体不同，又可以划分为如下几种方式：
1、以货币或其他出资方式对公司进行增资。
（1）原股东通过货币出资溢价增资，部分出资转为公司资本公积金，公司整体变更时，以公司资本公积金转增公司注册资本，以此种方式避免公司净资产不足注册资本的情况。
（2）引进战略投资者、财务投资者对公司进行溢价增资。
（3）设立员工持股平台对公司进行溢价增资。
2、原股东对公司的债权转为股权。
所谓债权转股权是指公司债权人将其对公司享有的合法债权转为出资（认购股份），公司会计处理表现为其他应付款转为公司资本公积金，增加被投资公司注册资本的行为，但是债转股不适用于公司设立。
在实务操作中债转股要严格的按照法律规定的流程。下面将详细介绍债转股所要履行的的程序：
（1）用于出资的债权应当符合以下条件：
a）债权合法有效；
b）债权权属清晰、权能完整；
c）债权依法可以评估和转让；
d）债权是被投资公司经营中产生的货币给付、实物给付的合同之债；
e）被投资公司为有限责任公司的，债权出资应当经全体股东一致通过；被投资公司为股份有限公司的，债权出资应当经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
（2）签订《债权转股权协议》
a）《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》(法释〔2003〕1号)第十四条：债权人与债务人自愿达成债权转股权协议，且不违反法律和行政法规强制性规定的，人民法院在审理相关的民事纠纷案件中，应当确认债权转股权协议有效。
b）《债权转股权协议》应当载明下列事项：债权人和被投资公司的名称、住所；债的形成依据、时间；债权总金额及各债权人所享有的份额；拟转为出资的债权数额、评估作价方式；协议生效时间；争议解决及违约责任。通过《股东会决议》修改《公司章程》等法律文件。
(3)专项审计与资产评估
用作出资的债权应当经会计师事务所专项审计。以考查作为投资的债权是否真实合法、是否没有其他权利负担以及是否可以作为公司出资进行转让。
在公司所有股东能达成该笔债权折股比例协议的情况下，公司可以不进行全面资产评估，只需对债权进行专项评估，否则公司将对公司现有资产价值进行评估，以确认新增的持股比例账面价值与其公允价值之间的差异。
(4)验资
(5)工商局变更登记
三、第三种方式：调整改制基准日
无论是增资还是减资，因其程序的复杂性都可能会导致公司改制基准日的延后，所以公司可以主动调整股改基准日（审计基准日），以时间换空间，即公司未来几个月预期能持续盈利的前提下，推迟股改基准日，待公司净资产审计值（预估）大于或等于注册资本后进行股改。
有限责任公司整体变更为股份有限公司，通常的做法是有限公司原股东以有限责任公司在某一时间点的净资产，按照一定的比例进行折股，成立新的股份有限公司，原股东按照相同的比例持有股份有限公司的股权。新设立的股份有限公司承接原有限责任公司的资产和负债，其资产类和负债类的科目及余额保持不变，其净资产超过股份有限公司注册资本部分，计入资本公积，整体改制后，股份有限公司的盈余公积、未分配利润余额为0。现根据我国公司法第九十五条，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。有限责任公司变更为股份有限公司，为增加资本公开发行股份时，应当依法办理。因而，在净资产折股的过程中，公司存在以净资产1比1折股或小于1比1折股两种可能性，在1比1折股的情况下，所有净资产均计入注册资本，以小于1比1进行折股，净资产超过注册资本部分以股本溢价计入资本公积。
首先通过上述两种方式，在公司以审计后净资产全部折入注册资本，或者是一定比例折股，将未分配利润和盈余公积计入资本公积后，改制前的利润就以注册资本或资本公积的形式留存在公司内部，而不需要与改制后的新股东共享以前的滚存利润，改制后公司经营产生的利润可以由新老股东共享，这对于公司来说有利于公司的长远发展与利益设定。但是分开来看，采取一定比例进行折股，最直观的就是通过未改制前公司账面的情况来折股比例的确定，但这里值得提出的是根据公司法第168条公司的公积金用于弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。
因此根据法律规定，从这方面看1比1整体变更方式与公司法168条是冲突的，但是我们应该可以理解为整体变更和公积金转增资本是不同的两个法律关系，整体变更是新的股份公司发起设立，可以不适用公司法中对公司在经营过程中的公积金转增资本的相关规定。所以在通常情况下公司是根据实际情况将盈余公积和未分配利润中部分或全部转增注册资本，从最直接的方面来看，对于改制公司有利的地方在于通过把股本做小，提高每股收益,有利于上市发行定价，另外以后上市公司每年都面临股本分红的压力，而分红的方式不外乎现金分红和送股两种。现金分红会减少企业的资金积累，而且现金分红一般较少，投资者（股东）一般也不会过分关注现金分红；股本偏小的话采取送股的方式可以将公司的利润以股权的形式留在公司，公司将会有更多的资金投入到扩大再生产；而且采取高比例送股的公司，往往会给投资者留下公司正处于快速发展的良好印象，其股价在二级市场的表现往往更优秀。因而，从这些方面来说公司也拥有更多的主动权。
至于税收方面，由于我国现行的法律、法规没有对有限责任公司整体变更为股份有限公司时，其盈余公积和未分配利润是否视同全额进行分配作出规定，税法也没有明确这种情况下其自然人股东是否需要缴纳个人所得税。
在现实的情况中，由于自然人股东没有现金的流入，存在一定的缴税困难，很多公司从减少当期代扣代缴个人所得税的角度，把盈余公积和未分配利润直接转入资本公积科目，不认定其属于分配行为，自然人股东当期不缴纳个人所得税，不视为利润分配进行税务处理。这种操作模式，从本质上来说其实转增股本的未分配利润和盈余公积是一种分配行为，转入资本公积的就不作为一种分配行为，是人为割裂成两个会计事项，主要是为了减少当期自然人股东应纳的股息红利个人所得税。但从实务上说，一方面在后期股东权益进行转让时仍旧面临着税收风险，另外根据2015年4月1日实行的《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》【财税〔2015〕41号】，股改中未分配利润和盈余公积转入到资本公积--股本溢价科目必须缴纳个人所得税似乎也是应有之义，但可协商在5年内分期缓缴。
