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投资者利益保护是控制权市场治理效力发挥的基础。股改后价值评估体系的改变使收购主体的收购行为动机呈现出多元化趋势。谋求公司控制权、实现产业整合以削弱或打败竞争对手，以及追求股价上涨等，成为收购方收购的出发点。

并购更多地体现为并购主体在追求价值发现、实现股东价值最大化和把公司做大做强等目标而进行的上市公司资源整合，尤其是在战略投资者出现、有实业背景的投资者逐渐成为并购的主导力量之后，公司并购会趋向于长期目标，而不是很快寻找退出机制。

由此，公司并购后收购方已经不满足于替换董事会成员和高级管理层，而是深入到公司的整个组织构架。尤其是在带有实业背景的战略并购中，财务整合将影响目标公司的信托责任、债务偿还责任，而产业整合必然引起目标公司员工的大量失业或者工资削减，这将带来社会问题以及其他一些外部成本，因此会促使公司治理更多地重视投资者利益保护问题，从股东价值最大化转向公司价值最大化，或者利益相关者利益最大化。

这意味着股改之后控制权市场的发展将面临各种价值观的激烈碰撞，为今后的制度建设与市场培育增加了难度。