针对当前基金管理公司治理的现状，要进行相关基金管理的制度建设来完善基金管理公司治理，切实保护基金份额持有人的合法权益。
由于部分基金管理公司过分注重大股东利益而对基金份额持有人的利益重视不够，大股东操纵、内部人控制的现象仍然有所发生;公司决策、监督、执行系统的职责界定不够明晰，董事会作用发挥有限，多重监督主体职责不清晰，监督不到位，导致“老鼠仓”等非法内幕交易行为时有发生。
因此，我们建议，首先，要公正、公平地对待所有基金持有人，保证信息披露的真实性和透明度。其次，要完善基金公司治理结构，推进基金管理公司的独立董事制度建设;还要完善基金管理公司的薪酬激励制度，改变目前基金管理公司完全根据所管理资产规模提取管理费的模式，要将业绩因素融合进来，最佳的制度框架就是既要避免非法交易行为来获取超额收益，又要对基金管理者有很强的激励作用。最后，要构建二级市场中私募基金监管制度，将其纳入机构投资者监管框架中来，斩断私募基金与公募基金勾结的可能性渠道。
结合现阶段阳光私寡行业的快速发展，要从海外对冲基金行业发展中级取经验教训，把阳光私募以及大量非阳光私募纳入监管体系中来，鉴于其仓位变化相对灵活的特征对市场的冲击较大，及时针对性构建制度框架将其纳入监管体系中。这方面可以学习欧洲等国的金融监管体系。
