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计算加权平均资本成本时，公司的资本被分为债务、优先股和普通股三类。公司可能发行很多不同种类的优先股和债务，有着各种红利和优惠条件。公司债务的利息和优先股的红利除了对股票市值有些影响外，并不是很重要的数据。公司未来资本结构以及债务和股票带来的预期市场收益水平比它的既往资本结构更重要。

公司自由现金流方法计算加权平均资本成本所使用的加权百分比就是公司资本结构计划采用的百分比。一般而言，我们使用公司当前资本结构来预测它未来的资本结构状况。贴现率应为市场对具有类似风险和现金流特点的证券所要求的当前收益率（代替预期收益率），

由于税收优惠会降低公司的利息支出，公司自由现金流对债务进行特殊处理。计算公司加权平均资本成本采用的是债务的税后成本。ValuePro 2002软件做了特别设计，当输入公司债务和税率的当前数据后，程序会自动调整计算出税后加权平均资本成本数值。