通过财务比率分析法，我们基本上可以掌握公司的经营状况和业绩，从而对公司股票的内在价值作出比较客观的判断。由于该方法简明扼要，通俗易懂，在实际中应用得非常广泛。
但是，比率分析法也存在着一些缺陷，主要表现在：
（1）每个企业都有其自身的特点，各种比率之间的可比性不大。例如，不同企业可能采用不同的会计处理方法，比如存货计价、折旧提取方法以及费用处理的不同等，使得企业之间各种比率不具有可比性。此外，企业所属行业不同，以及季节性影响等，也使得许多比率不可比。不同的行业有不同的特点，没有统一的比率标准来衡量。比如，不同行业的上市公司，它们的生产周期存在着差异，应收账款周转率、存货周转率都有差别。房地产企业生产周期长，存货周转率一般较低，而商业企业的生产周期短，存货周转率一般较高。因此，在具体分析时应根据客观情况，针对公司所处的行业，考虑它在同行业中的水平和地位等特点。这就需要将财务比率与同行业其他公司的相应比率作比较，以便对该公司的财务状况和运行情况有更深入的透视。
（2）有些比率经过人为的加工，存在着虚假成分。例如，在测算流动性比率和负债比率时，企业有时可以在结账前把短期借款还掉，结账后再借入，造成负债较低、流动性较高的假象，从而蒙骗报表的使用者。
另外，有些比率如果孤立地使用，容易使人产生误解，如总资产周转率，一般认为这一比率提高是一个好的迹象，表示企业资产有较大的流动能力，但是，如果周转率不是由于扩大销售，而是由于资产的减少而提高的话，可就不是什么好现象了。
（3）比率分析使用的各种数据，一般都没有按物价变动情况加以调整，因此在持续通货膨胀条件下，测算出来的各种比率，会给使用者造成错觉。
由此可见，在实际分析时不能机械地只看比率大小就武断地得出结论，而要根据具体情况进行综合分析。
