(1)更适用于资产对经营和销售具有直接关系的生产型企业。
在针对净资产收益率的拆解中，资产周转率是重要的指标之一。但是资产周转率分析仪针对企业所拥有资产与生产经营紧密相关的行业有效，因为它们用于实现营业收人的产品需要由公司的固定资产进行生产加工，同时产品加工所用的原材料以及加工后的产成品也都将形成存货资产，因此资产周转率的大小可以体现出企业对资产的运用效率。但是针对资产与主营业务无关的行业，例如咨询服务业，资产比重小且与公司提供的“产品(咨询服务)”无直接生产关系，这样一来资产周转率的分析便失去了意义。
(2)采用净资产收益率为核心指标的依据不够充分。
净资产收益率仅是体现公司整体价值的一个参考指标，仅体现了属于股东的投入产出关系和投资者的经营收益率，而不能体现其他价值。例如，两家公司拥有相同的净资产收益率，但是一家公司的市场占有率达到80%，并拥有该产品市场的定价权，是产品市场的引导者，而另一家公司仅是市场的追随者，那么这两家公司的整体价值显然是不同的，但是净资产收益率分析却无法提供这方面的价值判断依据。因此，投资者切忌将净资产收益率作为投资的唯一依据。
(3)只注重账面资产的利用效率，而未能包括企业全部资源，例如人力资源。
净资产收益率分析中涉及的净资产、总资产等金额，都是体现在公司资产负债表当中账面资产，而未能将公司全部可利用资源纳人其中。例如，两家公司的净资产收益率和资产周转率相同，但是一家公司拥有更多的新产品开发人员，拥有行业领先的研发技术，正在不断引领着产品的更新换代，而另一家公司只能等待着模仿和追随,那么这两家公司的整体价值显然是不同的，但是这无法通过净资产收益率分析体现出来。再例如，两家公司的净资产收益率和资产负债率相同，其中一家公司为大型国企，拥有充沛的融资资源，可以轻易地从银行获得大量贷款，财务配置更加灵活，而另一家则是不被银行放在眼里的小型民营企业，几乎没有获得贷款资源的可能，融资大多只能通过股东自有资本投人，那么这两家公司的经营风险也显然不同，整体价值也存在很大不同，但是这同样不会体现在净资产收益率分析当中。
(4)对短期财务结果过分重视。
净资产收益仅体现了当年的投资收益水平，有可能助长公司管理层的短期行为，忽略企业长期的价值创造。例如新产品、新技术的研究开发成本，在这些新产品和新技术投人市场之前，无法给企业带来实际利益，所能够看到的只有开发过程中的成本、费用，因此一家企业大量投人新产品、新技术的研究开发中时，必然导致当年净利润的下降和净资产收益率的下降。但是新产品和新技术的研究开发，却能够为公司未米数年的成长和发展提供保障，有利于提高公司的核心竞争力，有利于公司的长远发展。因此，如果仅以当年净资产收益率水平来衡量公司管理人员的工作结果，是有失偏颇的，有可能导致公司管理人员放弃新产品和新技术的研究开发，采用“杀鸡取卵”的方法提高当年净资产收益率，却损害了公司长期竞争力和长远利益。
