行业的大发展对于优势企业而言是一个好机会，而对于弱势企业却可能是风险。优势企业抗风险能力强，即使是行业的调整也可以带来整合的机会，而弱势企业很容易在行业性风险来临时被淘汰。
医药企业现阶段面临最大的风险是医疗体制改革的不确定性，中国医改虽然已经进行了多年，也取得了一些阶段性的成功，但总体而言离目标仍然很远。药价越改越高，商业贿赂屡禁不止，愈演愈烈，而市场各方仍处于利益博弈时期。医改制度的执行差强人意，常常是头痛医头脚痛医脚，朝令夕改，上层制度建立了 ,到下面却不能执行或者完全变了样。例如基本药物目录发布已经一年多，但推行缓慢，地方各自为政保护主义严重，部分中标药企享受不到放量的好处，却要承受降价之痛，积极性大打折扣。在这样的环境下，未来医政各项制度仍存在着很大的变数，制度的具体执行能否到位也存在不确定性，药企在放量与降价的博弈过程中，盈利能力会出现大幅波动。
不同的子行业面对着不同的风险，大部分化学药企产品高度同质化，低端的产品只能依靠价格战抢占市场，利润微薄甚至难以生存，没有竞争优势的普通企业未来被大量淘汰整合是必然的结果。原料药具有较强的周期性，产品技术含量、附加值低，没有定价权，产品价格随着行业景气度和国际市场大幅波动，其风险并不比周期性行业低。生物制药、高端化学药企则存在较大的不确定性，若产品拥有专利并处于高速增长期则盈利能力强，成长性突出，但产品技术升级频繁，替代产品的出现可能导致企业的迅速衰落。相对而言中药子行业具有更高的稳定性，产品差异化程度较高，很多产品带有消费品属性，品牌能形成一定的壁垒，但也要具体问题具体分析。
医药企业另一大风险来自于产品的安全性，即使是国际上著名跨国药企也曾经频频陷入产品危机。国内鱼腥草注射液、舒血宁注射液等中药注射剂使用过程中曾出现医疗事故，2008年以来的刺五加注射液、茵栀黄注射液、双黄连注射液相继出现使用致死事件，中药注射液备受质疑。其他药品子行业如血液制品等也存在着同样的产品风险，一旦产品出现事故，往往非死即伤,医药行业中很多企业主要盈利来自于同一产品，这种产品集中度过高也是高风险之一。
